太平洋戦争中期、次第に劣勢に追い込まれた日本帝国海軍は、人体実験を通じて軽巡洋艦三瀬号に自意識を備えた船艦守護神（三瀬）を作り出すことに成功した。彼女を通じて、この軍艦は米軍のレーダーを凌駕する探知能力を持っているが、その艦長である浅羽中佐は知勇兼備でリーダーシップに富んだ将校であり、彼らが互いに協力し合って、米軍の強大な攻勢の下で何度も奇功を立てている。しかし、米軍がより高性能なレーダーを開発し、日本帝国海軍が背水の陣を敷いた海戦が惨敗した後、三瀬は苦境を突破し、奇功を再建することができるのだろうか。