舞台は地球以外の他の星に設定されている。人々は自分のいる星を「大空陸」と呼んでいる。そこでは、人間は生まれてくると「女性」として生きなければならない。17歳の時に「泉」に着いて、性別を選んで大人になった時。主人公らが所属する宮国が持つ貴重なエンジンを奪うため、隣国はますます激しく侵略を始めた。敵国を迎撃するため、宮国は儀式用複座式飛行艇「Simoun」を戦闘用戦艦に改造することを余儀なくされた。まだ性別化されていない「巫女」がパイロットとして派遣され、「coru」と呼ばれる戦闘小隊のメンバーになった。「Simoun」を操る少数の少女は「Simoun?シヴァジュラ（シベラ）」と呼ばれている