太陽系を異生物？奇居子（ガウナ）に破壊されて千年。人類の繁殖と生産を維持しなければ宇宙を旅する、巨大な播種船？シドニア。シドニアの最下層で育った青年？谷風長道は、衛人（モリトン）と呼ばれる大型兵器の訓練生となり、歴史の名機？ガード（ツグモリ）への搭乗を許可する。長道の命を賭けて戦ったが今ここに幕を開ける！