ノア級コロニー艦LNFINITE号は年前に某宙域で行方不明になり、2年後にAVENGER号を旗艦とする艦隊がこの宙域に到着して捜索を展開しようとしたが、不明な物体に阻まれ、前線艦隊がほぼ全滅する中、地球唯一の反物質エンジンを搭載した生体改造兵-AMEISA-1099が派遣された……。