同じ著者の桶口大輔さんが言うように、「ホイッスルが鳴る」というのは完全にサッカー漫画ではなく、少年たちがサッカーを通じて成長した漫画だ。試合を中心とした同類の題材が多い中で、「ホイッスルが鳴る」のは最も親しみやすい感じがします。主人公の風祭は1984年生まれで身長140 cmの彼が前線を想うが、サッカー名門の武蔵森で三軍を務めていたため桜上水中学校に移り、サッカー部でセンターの水野と知り合ったことから物語は彼らを中心に、チームを率いて強敵の武蔵森打倒を目指す。春の首都大会1回戦で武蔵森に敗れたが、希望に満ちた夏の大会に向けて追い込んだ。この間、水野及風祭は日本の東京都選抜チームのメンバーに選ばれ、特訓を経て、韓国で親善試合を行う準備をしています！みんなは風祭の努力を見て、サッカー部を団結させるだけでなく、誰もが絶えず進歩している…強敵武蔵森と試合をした後に新しいゴールキーパーに加わった不破の大地、フォワードの成樹、風祭、センターフォワードの水野、その他のサッカー部の社員、桜上水サッカー部はすでに以前地区予選で敗退したチームではない。他の学校から認められ、肯定された。一歩ずつ全国へと進んでいく???