バイト先を探していた中学生のシンジは、何の気なしに葛城美里と加持良治が開いた「九十九龍馬探偵事務所」を訪れ、ぼんやりと花瓶を割って多額の借金を抱えた後、わけもわからず入ってきた事務所で、渚カヲル君を知ることになる。奇妙な探偵の仕事が始まった。