少年陰陽師漫画。安倍昌浩——13歳の半人前陰陽師（幼い頃にアンペア晴明に力を封じられたことが原因）は、13歳になって元服の礼をする。晴明の子孫の中で、最も濃厚な天狐の血を受け継いでおり、晴明の唯一の承認を受けた継承者としてその実力は神々に認められていたが、本人は茫然として知らなかった。負けず嫌いで、「あの晴明の孫！」「最も偉大な陰陽師」になるため、昌浩とその仲間の小怪（晴明式神の十二神によって幻化された魔物）は共に修行を始めるが……ある日、大内で火災が発生するとともに、左大臣の東三条殿にも異形の襲撃を受ける。これまで気づかなかった妖気が、危険な気配を放ち続けて迫ってきたのは、負傷した妖主?窮奇を治療するため、極めて強力な霊力を持つ左大臣の娘?彰子姫を狙うはるか西方大陸からやってきた妖怪だった……。そして窮奇を打ち破り、彰子を救った昌浩は、昌浩がまじめに働かないと勘違いしていた先代の陰陽生?藤原敏次がもたらす不快さに耐えながら、仕事を続ける。やがて、昌浩の世話をしていた藤原行成は突然悪霊に襲われ、重病にかかり重体となった。その後、京都内では怨霊が乱れる事件が相次いだ。彷徨う霊、突如興った百鬼夜行。このすべての事件は、晴明を襲い続ける女術師?風音に操られ…自らの命と引き換えに紅蓮に戻った昌浩、亡き祖母?若菜の祈りによってもたらされた。奇跡的にこの世に返り咲くことができた。しかし、復活の代償として、彼の幽霊の力は失われた。陰陽師の大切な霊力を失った昌浩の前に新たな敵が現れ……彰子の代わりに入宮した中宮章子のもとに、謎の黒い影が忍び寄る。この時、晴明天命の時も近づき始め……