時は明治。帝都から遠い山口県の小さな村で、夜に全滅する事件が起きた。陸軍の極秘機関である零武隊がこの事件を捜査し、零武隊隊長の子である日明日馬は友人の帝月、瑠璃男と同時に赤間関にやってきた。ここで、彼らが見ているのは――「この世に存在するはずのないもの」！