ある日、主人公の黒羽快斗は8年前に秘密組織の陰謀によって殺害された父?黒羽盗一が怪盗キッドであることを知る。その組織の真相を探るため、怪盗の職業と名前を受け継ぎ、自ら怪盗キッドになった。ある事件で、父親の敵である秘密組織が、おびただしい宝石の中に眠る不死身の「運命の石パンドラ」を企ててていることを知り、彼らの陰謀を打ち砕くために、今では組織よりも一足早く「パンドラ」を見つけることを目指している（したがって、主な獲物は宝石に関係するものである）