本作是魔法少女奈叶系列首次以男性角色为主角的作品。背景设在新历81年（即StrikerS的JS事件的6年之后，Soundstage X的玛丽亚治事件的3年之后），独自一人周游世界的男主角托玛·阿凡尼尔，在遗迹中与谜一般的少女莉莉·修特罗杰克相遇，之后二人又与艾希丝·伊古雷特偶然相遇；托玛被卷入了包括“银十字之书”和“蚀”在内的连串不幸的事事件中…...