冷戦終結後も世界は暗雲に包まれ、謎の巨大組織「ブラックシェル」は未知の生命体心臓を手に入れた後、さらなる戦争支配を企み、「ブラックシェル」に未知の生命体心臓を改造された少女イグリプスは「ブラックシェル」の掌握を逃れた後、戦争に抵抗する道を歩み始めた……。