『西元3000後を通り抜けて』は、西元で2011年に暮らしていた少女の葉氷瑶（ヒロイン）が学校でキャンプをしていた時、親友のミカンが洞窟の中に緑の光が光っているのを見つけて見に行こうとしたが、男性が付き添うことができなかった時、2人で行くことを決心した。洞窟に着いた後、何かが回転してきたことに気づき、瑶瑶はミカンの悲鳴の中で意識を失った。目が覚めると自分が……