「聖杯」をめぐる戦争が幕を開ける！少年?衛宮士郎は、自分を救ってくれた養父?切嗣のような正義のヒーローになる日を待ち望んでいた。ある日士郎は奇妙な男たちを目撃したが、命は脅かされた。しかし、彼が窮地に陥った時、彼を助けて危険を脱し、「剣兵」という少女が現れた。しかも彼女は士郎の呼びかけを受けて来たと自称し、主従契約を結んだ…