大昔、突然、上下2枚の空を貫く謎の巨塔が現れ、数百年経った今も調査記録は少ない。少年クラレンスは、巨塔に隠された秘密を探ろうとしたが、旅の中で生きるには十分な能力がなかった。しかし、偶然謎に包まれた女の子に出会い、その助けを得て、ついに巨塔への冒険の旅を始めることができた…