イリヤは穂群原学園に通う普通の女の子で、ある日万華鏡の杖の人工天然精霊「魔法のルビー」に強制契約され、「魔法少女イリヤ」になった。彼女は万華鏡の杖の前の持ち主に遠いのか。凛の命令で、階級カードの回収を手伝わされ始めた……