3年前の墜落事故で、夏目智春のそばには、幼なじみの水無神操緒からなる守護霊が妙に増えたが、2人は終始無事だった。智春が高校に入ろうとした時、突然謎の黒衣の美女がやってきて、銀色のスーツケースを渡した。その後、彼のそばで奇妙なことが起こり始め、彼が想像していたほど簡単ではないような世界を発見し始め、神秘的な対抗悪魔兵器「機巧魔神」を呼び覚ました……。