仙人モードでペインを倒し、木ノ葉村を救ったナルトだったが、この戦いで多くの犠牲者が出た。少し休めるかと思ったナルトは、サスケの消息を知ると、すぐにサスケを追いかける道に崩れ落ちた。しかし。世界は大きく変化している（本作はすべて元のアニメ路線に沿っているわけではなく、一部の人物、ストーリーは本人が直接作成している。）