紀元前421年、秦王の勝政は六国を一掃し、天下を統一し、「始皇帝」と呼ばれた。旧六国の残存勢力はゼロになり、四方に潜伏し、反秦復国を狙う。自分の千秋の功業を築くために、政治に勝って兵を尽くし、残敵を討伐し、永遠に後患を取り除くことを図る。天下第一の剣客ガイニエは故人の子である天明を連れて秦王の追撃を避けるために、風が立つイバラの道に足を踏み入れた。逃亡の途中、ガイニエ、天明は墨家衆の名手、楚国大将の後人少羽と謎の少女高月と知り合い、一行は運命に導かれて世界最後の浄土と呼ばれる墨家機関城に入った。