魔法科高校の劣等生漫画。西暦2095年の春、新入生が入学する季節。国立魔法大学附属第一高等学校、通称「魔法科高校」は、成績優秀な「一科生」と、一科生の代わりになる「二科生」で構成され、それぞれに「花冠（bloom）」、そして「雑草（weed）」の名を冠している。そんな魔法科高校に兄妹が入学した。兄は、欠陥を抱えた劣等生。妹は、完璧な優等生。何事も達観した態度をとる劣等生の兄と、血縁以上の感情を抱く優等生の妹。この2人がこのエリート学校の門に入るにつれて、この穏やかな学院も、騒々しい日常が始まった。