真女神転生戦記漫画、林太郎は偶然にも奇妙なゲームカードを手に入れた。このような「真?女神転生」というゲームカードはカードの主人（カードの使者）にカードの世界の悪魔、天使、精霊を召喚させることができ、林太郎が手に入れた「NET WAP」は召喚の扉であり、人界とカードの世界を結ぶインターフェースである。同時に「ソレーティア」という組織も、牌の世界と人界の通路を開き、革新的な世界を開くために、すべての牌の使者を秘密裏に集めている。ソレティアに奪われた千恵の魂を取り戻すため、林太郎と出会った浩二、優香の2人のカードの使者がソレティアに立ち向かう。ソレーティアは大衆を誤って導き、「悪魔の遺伝子」を持つ青少年の治療を名目に、すべてのカードの使者を彼岸島に集めた。林太郎と同じく牌の使者である貴也行仁は、人間の念が凝縮された彼岸島を訪れ、ソレーティアの首脳弥勒寺が人間世界と牌の世界を融合させようとする企みを阻止したが、「シャーフォール」研究所の藤開所長はこれに乗じてすべての牌の使者を一挙に殺そうとした。生きるために、人々は力を集中して二つの世界の融合を行い、革新的な世界を開く…。