物語は、数年前のPCゲーム『レッド警戒2-ユーリの復讐』を背景に、ユーリの復讐作戦に失敗した後、連合軍と共和国がユーリ島を連合して包囲討伐し、ユーリ残党を一掃し、男はユーリの超能力を受け継ぎ、軍の包囲討伐に直面し、一人で生存作戦を行う物語。