物語は太正十二年春から始まる。海軍江田島士官学校を首席で卒業したばかりの大神一郎少尉は、秘密部隊である帝国華撃団花組に配属書を受けて隊長に異動した。最初に就任場所の「大帝国劇場」に到着した後、大神一郎は極度の迷いを感じ、自分は秘密部隊に派遣されたのではないか。どうして劇場の中に入ったのか。後になって、「帝国華撃団」は通常、表面上では「帝国歌劇団」と偽って、舞台上で歌を載せたり踊ったりして公演していることが分かった。しかし事故に遭うと一転、帝都を守る特殊部隊となった。しかしこの平和な都市の中で、敵は一体誰なのだろうか…？帝都の地下暗黒地帯で活躍する敵、名は「黒の巣の会」。折よく言えば、大神が花組に転入した後、黒の巣は三歩五時の無人兵器「協侍」を主力に帝都の各所を襲撃するだろう。花組は霊子甲冑「光武」で応戦し、帝都の各所で黒の巣と散発的な戦いを繰り広げる。…