前作では、ソラは世界平和のためにディズニータウンの国王（ミッキーマウス）や親友リックを置き去りにしてドアを閉めざるを得なかった。しかし、関門前に国王が光の門を見つけて脱出すると言ったため、ソラはドナルドダックとフライングドッグと共に国王とリックを探す旅に出た。途中でソラたちは知られていない謎の黒衣人に出会い、彼らを謎の城に導き、国王とリックもこの城に行ったことがある。ソラは町の中で旅の目的に関する重要な鍵を見つけたが、記憶を失い始めた……