エンジェル?ハート?コミックス第2期で、“シティーハンター”と呼ばれる殺し屋?冴羽リョウ（セイバーRYO）が、パートナーで恋人の汊村香（Makimura Kaori）にプロポーズした。しかし、りょうが戸籍を持っていない「黒人」であることは香と本当に結婚することはできないが、形としても香の願いのために、りょうは香と結婚写真を撮ることに同意した。しかし結婚写真を撮る途中、香は子供を救うためにトラックにはねられ、救助が効かなくなった後、彼女の心臓は寄付されたが、心臓は奪われ、行方不明になった。香のことでリョウは後ろめたさと自責の念を抱き、自暴自棄になり、親友の海坊主のキャッツアイカフェで一人でやけ酒を飲むことが多くなった。友人である新宿警察署の野上冴子局長は多方面に捜査が及ばず、心臓は行方不明のままだったが、それがリョウの生き続ける原動力になった。心臓が戻ってくると信じていたからだ！奪われた心臓は「Glass Heart」というコードネームの女性殺し屋の体内に移植されたが、「Glass Heart」は組織に再殺人を制御されたくないと自殺し、死を決意したため、手術後ずっと覚醒を拒否していた。しかし、香の心臓は粘り強い心であり、香の記憶だけでなく、愛するりょうへの思いも残っており、死にたい人と死にたくない心が激しく戦っている。最終的に「グラスハート」は心臓の強い意識に影響されて目を覚ます。「Glass Heart」は香の夢の中でリョウを見るとどこか温かみがあるので、彼女は組織を抜け出して新宿にリョウを探しに行った。「Glass Heart」の本名の李香瑩は、彼女が組織しているボスの李強靱な実の娘だ。陰謀のため、李は行方不明になった娘が自分の組織にいることを知らずにいたが、「Glass Heart」が自殺したことを知って、彼女を救うために……。心の汚れは「シティーハンター」りょうのパートナーである村香を知るために、そして「グラスハート」が心臓の記憶に引きずられて新宿にやってきたことを知った李も新宿にやってきたが、身代わりで実弟の李謙徳も射殺され、命が危ぶまれ、陰謀が新宿を覆っていた……。李氏兄弟は撩と長年知り合いだったが、李の弟の李謙徳はさらに親友で、李が新宿に来たのは撩を探しに来たからであり、撩も息も絶え絶えだった謙徳から事の大概を知っていた。そこで彼は李の娘の香莹を守ることを約束した。紆余曲折を経て2人は出会い、最後の激戦、陰謀もついに明らかになり、「Glass Heart」も組織から離脱した。李は罪悪感から娘とは認められず、父親が誰なのか分からない娘をりょうに託したが、香瑩もりょうに父親になるよう要求し、最終的にりょうはこの娘を受け入れ、彼の生活に新たな支えができた。やがて「シティーハンター」が再び山を出て、父娘が立ちはだかる「シティーハンター」の物語が本格的に始まる！