魔法少女リリカルなのはシリーズ初の男性キャラクターが主役の本作。背景には新暦81年（すなわちStrikers SのJS事件の6年後、Soundstage Xのマリッジ事件の3年後）、一人で世界を旅していた男主人公トーマ?アヴニールが、遺跡で謎の少女リリー?シュトロージャックと出会い、その後も二人はエヒース?イグレットと偶然出会い、トーマは「銀十字の書」と「蝕」を含む不幸な事件に巻き込まれ……