発明の天才少女ニーナは手作りの鎧を頼りに「空獣」を狩猟して「空石」を手に入れた。彼女は空石で大儲けすることだけを考えていたが、世間から隔絶された島で一人で生き残った少年ケインに出会った。しかしケインは過去のすべての記憶を失ってしまう……広い空の世界を舞台に、少年少女の大冒険が始まる！