「マーダーロック」は凶悪犯罪者ばかりが集められた“殺人鬼の学校”、黒耀学院を舞台に描かれる学園サバイバル。ある日、主人公?久遠光太朗の唯一の肉親である妹が、不良軍団に連れ去られてしまう。光太朗は1人で13人もの不良を殴り倒し、妹を救出するが、その夜「男性13人が殺されて見つかった」と警察がやってきて光太朗を拘束。光太朗は必死に無実を主張するが、奮闘むなしく、「13人殺しの怪物」として黒耀学院へ送られることになり……。光太朗は法も秩序もない狂った教室を抜け出し、妹のもとへ帰ろうと奮闘していく。