2018年、世界の人類の大部分を絶滅させた災難の「審判の日」から10年以上が経ったが、人類と機械の戦いも続いており、勝負はつかなかった。人類は日々の地下抗争の中で次第に闘志を磨き、内部に食い違いが生じ始め、悲しいことに勝利の希望が見えない人もいれば、この抗争の中で自分の私欲を満たす権利を得ようとする人もいる。この時、救世軍の一員であるジョン?コナーという軍人が頭角を現し始めた。彼は極めて特殊な身分を持っていた。彼の家族は、母親も父親も天網と裁判日の到来を阻止するために自分の命を捧げていたが、彼の父親は未来、つまり今、生まれて間もない……。