魔力を持つ人類が絶滅の危機に瀕している世界では、武力の頂点は刀剣から魔法に変わり、銃器に変わった。残存する魔力の脅威を取り締まる訓練をする『異端審問官』の専門機関、通称『対魔導学園』に通う草薙クループは、銃を全く使わず、刀一本で敵と渡り合う異種。尊が率いる第35試験小隊は、別名『雑魚小隊』とも呼ばれ、劣等生たちが寄せ集めたチームだ。