平凡な小学校3年生の高町奈葉は、太古の遺産を発掘するために異世界ミッドゼルダにやってきたユノ?スクライアからの魔法と出会い、ユノとともに平行次元に存在する高度なテクノロジーの文明の遺産である「聖石の種」を収集する魔法少女となった。