シャフトが制作した2006年版魔法先生TVアニメが、先日漫画化された。新版漫画のストーリー内容は漫画版と2005年版から独立していると言え、ネギーがメルティーアナ魔法学校から麻帆良学園へ実習に派遣されたくだりを除いて、残りは漫画版と2005年版との間に大きな感情があり、人物関係の面でも学校側でも当初の設定を少なからず変更した。