余と大福は3年間家に帰らなかった母を探しに町に入ったが、誤って「鬼列車」に乗り、妖怪との幻想的な旅を始めた。「内陸の妖怪」を乗せて海を越えて地獄島に向かう鬼列車、不思議な「特殊車両」、遭遇した「天空の妖怪」、「海洋の妖怪」、「鬼母巨輪」など、「妖怪の大移動」の裏話が明らかになった。彼らの背後には、もっと恐ろしい「それ」が追いかけてくるからだ……。