別名：新世紀エヴァンゲリオンEVA西暦2004年、3歳の碇シンジは箱根にある人工進化研究所（GEHIRUNの対外名称）地下第2実験場に連れて行かれ、自分の母親が初号機で次量子状態（同期率400パーセント）に変化するのを目撃した。やがて碇ゲンドウは遠くに住む教師にシンジを託し、父親が絶体絶命で去っていく後ろ姿がシンジの心の悪夢となり、大人になっても脳裏を躍らせ続けていく……