正体不明の深海艦隊は人類を再び航行不能の時代に戻し、科学技術の進歩は人類のために「戦艦少女」と呼ばれる人型兵器を作り、人類に依存している彼女たちは人類の海洋利益のために深海艦隊への戦争を開始する。この部隊の指揮官として、あなたはどのような選択をするだろうか。