西元2051年、遺伝子工学は人類が制御できない怪物を育成した……「シャハイル」。アメリカ大陸が陥落した後、日本はシャハイルの攻撃に対処するための「侍所」を設立した。侍所のフレッシュな塚原武道は、迷いを抱いて侍所に入った、そして謎の身となった彼は、特殊実験部隊に配属され……。