セカンドブレイン漫画は、異能を持つ少年市原春一が常に周囲から同じ目で見られ、モンスターとして疎まれているほどで、母親だけが彼を理解し、包容してきた。しかし、今は母も亡くなり、自分を唯一理解していたはずの母の死に、春一は怒りを胸に秘めて歩み始めた！セカンド?ブレインを倒すために作られた国家機密機関、セカンド?ブレイン特別対策本部。春一は母親の復讐のためにここにやってきた。