第1次ネロイ大戦が終わってから20年。その激しい戦争が世界各地に残した傷跡は徐々に癒えていった。しかし次第に集まり始めた黒い雲は世界各地に影を落とし、今の穏やかな日は嵐の前の静けさのようだ。1937年、扶桑皇国舞鶴海軍附属小学校6年生－（土反）本美緒、12歳。後に伝説の魔女となった彼女は、この時も自分の能力を信じない少女だった。