2001年10月22日、普通の高校生だった主人公?白銀武は目を覚まし、自分がパラレルワールドに入っていることに気づいた。この平行世界では、地球の人数は10年来敵意を持つエイリアン生命体「BETA」と苦戦している。そして荒廃した柊町（主人公の故郷、横浜）に身を置く。すべてが変わった世界で再出発した武は国連軍に加わり、BETAに対抗する最後の手段として人類を救う「ALTERNATIVE 4」計画に参加した。