牧瀬紅莉栖の目に映るもう一つの運命石の門。2010年夏、アメリカで育った若き天才脳科学者?牧瀬紅莉栖は、7年別れた父と再会するため秋葉原を訪れた。しかし、父親の記者会見が予定されていた放送会館に人工衛星が落下し、父親と再会することはできなかった。さらに「鳳凰院凶真」を名乗る男、岡部倫太郎から「お前は死んでいるはずだ！」と挑発的な言葉が……！？天才少女と厨二病患者の時空を超えたラブストーリーが、いよいよ幕を開ける！