230万人の人口があり、その8割が学生の「学園都市」である。他の地域よりも科学技術が進んでおり、「超能力開発」に従事している特殊な地域です。学園都市全体の中で7人しかいないレベル5超能力者の一人御？美琴は、彼女の能力と個性によって、学園都市で起きた様々な事件に巻き込まれていく……。