宇宙世紀0079年、SIDE 3「ジオン公国」が正式に地球連邦政府に宣戦布告してから1年近く経った時、もともと宇宙コロニー衛星SIDE 4「ムヤ」の遺跡「THUNDERBOLT宙域」で、故郷を奪還しようとしていた「ムヤ同胞団」率いる連邦軍と、戦中に肢体を失ったジオン軍人からなる実験狙撃兵部隊「活死人師団」は、それぞれ異なる目的と考えを持っていた。激しい攻防が勃発する……