宇宙世紀0079年、吉発公国は地球連邦政府に対して独立戦争を開始した。少年アムロ?レイは戦乱の最中、思いがけず鋼弾を拾い、ジオンのサックを撃退した。赤い彗星シャアは月神2号基地に潜入し、基地の動力源を爆破し、基地を麻痺させた。白亜基地は月神2号を離れ、地球に向かう準備を余儀なくされたが、再びシャアに奇襲された。