遠い時間の果て、世界が大規模な汚染を受けた後、大地は新たな支配者汚染獣に占領され、人類を絶滅の危機に追いやった。生き残った人類は、大昔の錬金術師が残した自律型移動都市で暮らしていた。これらの移動都市はそれぞれ独自の意識と専門的な役割を持ち、専属交通のある都市にも専属教育系の学院都市がある。それぞれの都市の存亡を賭けて、都市と都市の間では貴重だが不可欠な鉱物である超錫鉱山のために戦争が行われている。天地を覆う巨大怪物「汚染獣」の群れもある。少年少女たちは自分たちの都市を守るために、超能力「刭」を使って戦い続けた。物語は無数の都市の中の1つである学院都市ジョルニで起き、新入生入学式で2つの敵対都市の学生による騒乱が崩壊事故を起こしそうになった（実は学生会長がレイフォンを打診するように手配した）、混乱の中、銃殻都市古蓮丹から来た普通教育系の新入生レボンが少女を救った。これにより、生徒会長から授業料の全額免除を条件に一般教育学部から武技学部に転入され、発足間もない都市護衛第十七小隊に招かれた。しかしこの「第十七小隊」はとんでもない「堕落部隊」だった。小隊全体を率いる隊長ニーナは周囲の人や状況を顧みずひたすら突き進み、沈黙する少女フェリ、やる気のない男シャニード、そんな超個性的な「第十七小隊」に囲まれ、新たな学園生活を始める。しかし、鋼殻都市?古蓮丹出身の少年がどんな過去を持ち、かつて背負った武者としての最高の栄誉と汚名を生徒会長以外に知っている人はいない……。