地球圏出身の少年トビア?アロナックスとその仲間たちは、生まれて初めて木星にこんなに近づいたことに興奮している。彼らは地球―木星文化交流と促進のために派遣された留学生として、木星軌道植民地での生活を迎える。しかし、木星の重力圏に入った時、凄まじいサイレンが突然客船全体に鳴り響き、驚愕の少年たちは舷窓から直接見ることができ、襲来者は巨大海賊旗艦に率いられた謎のMS部隊だった。