ゴジラ：50年漫画を追い続け、若き中尉?村上大田は1954年のゴジラとの第1戦以来、世界的に活躍する怪獣問題に対応するための特別怪獣対処組織に加入している。しかし、戦いが深まるにつれて、彼らは怪獣の大規模な暴動が人間によって引き起こされたことを発見し、より大きな災難が相次いだ。。。