突然の謎の爆発でX学院が破壊され、X教授とJeanGrayが行方不明になった。レーザー目はそれで意気消沈し、リーダーの責任は野性的な金剛狼の肩に落ちた。万磁王などの強大な敵のほか、金剛狼の過去も幽魂のように彼を悩ませていた。
20年後、X教授は昏睡から目を覚まし、巨大なロボットが世界を支配し、人類も変種人も絶滅の危機に瀕している終末の光景を見た。X教授は脳波機を用いて現代のX戦警に指示を伝えた：未来を変えて、世界を救う！
事件の裏にはどんな真実が隠されているのか？自来した白皇后を招かないのに何の目的があるのか。金剛狼はX戦警を率いて狂乱を挽回することができるだろうか。