物語は遠くない未来に起こり、X戦警は史上最大の生存危機に遭遇し、彼らは過去に戻って自分を救う運命に戻らなければならなかった。X戦警は私たちの時代には、最先端の遺伝子を持つ生物だったかもしれないが、近い将来、彼らは「トラスク工業」の創始者ボリバル?トラスク氏が製造?指揮する新型特殊戦闘ロボット「ホイッスル」に狩られ、絶滅の危険がある。