デジモンの世界と人間の世界を支配しようと企む究極の魔獣、それはニウに凶悪な力を持つアル?カデモンを育てさせる。しかし、ニオは逆にアル?カデモンに究極の魔獣を吸収させ、別の新しい世界を作ろうとした。先の分身である旧エリアスIIIは、ニオの行状を阻止するために彼と戦いを繰り広げたが、最後は惨敗の末路に落ちた。デジモンワールドの平和を守るため、太一とジェロは究極の魔獣城に潜入し、ネオと対決する！！…