本物語は5人の魔法少女の成長と冒険をめぐって展開されている。市立見滝原中学2年生の少女鹿目まどかは、良い家庭に生まれ、泣いたり笑ったり、誰もが持っている日常生活を送っている女の子です。ある日。謎の転校生暁美ほむらが現れ、まどかは自分の運命を変え始めた。まどかと友達は家に帰る途中、ひそかに助けを求める謎の生物を発見し、傷だらけになった。この謎の生物を追いかける人は、なんとまどかが知っている謎の転校生暁美ほむらです。その後、まどかの同学矯生巴麻美に出会った後、謎の生物が自分の身分を明らかにした。「キューピー」と名乗る謎の生物は少女たちに「私と契約して魔法少女になって」と頼んだ。しかし、現実はまどかが思っているよりずっと残酷で、魔法少女の真相はまどかが魔法少女になりたいと思っていることに何度も衝撃を与えている……