女神異聞録3コミックス、事故で両親を亡くした有里湊は、家庭の事情で「私立月光館学園」の高校部に転校。学生寮に入居して間もなく、奇妙な怪物シャドーに襲われ、体内に隠されたペルソナの能力を目覚めさせた。そのきっかけで、有里湊は隠された世界の真実の一端、それが「影の時間」であることを知らされた。月光館学園理事長?何月修司のもと、少年少女たちが「特別課外活動部」を結成！